嘉慶五年（1800年）六月，浙江臺(tái)州的海面上，一百余艘海盜船如同狼群般蜂擁而來，他們的目標(biāo)是富饒的浙江沿海。時(shí)任浙江定海鎮(zhèn)總兵李長(zhǎng)庚，立即調(diào)動(dòng)定海、溫州、黃巖三鎮(zhèn)水師，如同猛虎下山般迎擊海盜，經(jīng)過一番激戰(zhàn)，擒斬?cái)?shù)千人，終于將盜船擊退。然而，敗退的海盜并未善罷甘休，他們駕船四處逃竄，騷擾臺(tái)灣地區(qū)，形勢(shì)一度十分危急。閩浙總督玉德和福建水師提督李南馨深知，要穩(wěn)定臺(tái)灣的局勢(shì)，非鄒經(jīng)莫屬。他倆以鄒經(jīng)“熟悉水師，緝防勤奮”“海外洋面情形亦皆通曉”“內(nèi)地與臺(tái)灣都未有人地相宜”，聯(lián)名奏請(qǐng)嘉慶帝讓鄒經(jīng)赴臺(tái)灣負(fù)責(zé)海防，十二月十二日鄒經(jīng)調(diào)任臺(tái)灣水師協(xié)右營(yíng)游擊。
臺(tái)灣安平古堡鄭成功像（圖片來自網(wǎng)絡(luò)）
時(shí)福建水師提督（從一品）直轄左、中、右、前、后五營(yíng)外，還下轄海壇鎮(zhèn)、金門鎮(zhèn)、南澳鎮(zhèn)、福寧鎮(zhèn)和臺(tái)灣鎮(zhèn)五鎮(zhèn)官兵，只有臺(tái)灣鎮(zhèn)的總兵有加“掛印”二字，稱為“掛印總兵”（正二品，全稱掛印總兵官）。掛印總兵能夠參與地方行政和司法事務(wù)，在地方治理中扮演著重要的角色，還?可以直接向皇帝上奏折。臺(tái)灣鎮(zhèn)掛印總兵駐扎地在福建省臺(tái)灣府城內(nèi)（今臺(tái)灣省臺(tái)南市）。臺(tái)灣鎮(zhèn)掛印總兵除直轄左，中、右三營(yíng)外，還下轄臺(tái)灣水師協(xié)（副將駐安平鎮(zhèn)）、臺(tái)灣北路協(xié)（副將駐彰化縣）、澎湖水師協(xié)（副將駐扎媽宮汛）。而鄒經(jīng)所在的臺(tái)灣水師協(xié)有左、中、右三營(yíng)，每個(gè)營(yíng)的最高職位就是游擊，右營(yíng)駐扎在臺(tái)灣安平鎮(zhèn)（鄭成功將荷蘭人逐出臺(tái)灣,將熱蘭遮城改名為安平鎮(zhèn)，今臺(tái)灣省臺(tái)南市安平區(qū)）。臺(tái)灣水師協(xié)、北路協(xié)、澎湖水師協(xié)的最高職位是副將（從二品），受臺(tái)灣鎮(zhèn)掛印總兵節(jié)制。
中國(guó)海盜船的老照片（圖片來自網(wǎng)絡(luò)）
不久，鄒經(jīng)受閩浙總督玉德推薦，委護(hù)臺(tái)灣水師協(xié)副將，協(xié)助臺(tái)灣鎮(zhèn)掛印總兵負(fù)責(zé)臺(tái)海南部防務(wù)，為當(dāng)時(shí)汀州府籍在臺(tái)最高級(jí)別官員。
此時(shí)的鄒經(jīng)，雖已年近花甲，但斗志不減當(dāng)年。他一到臺(tái)灣水師協(xié)安平營(yíng)署，就立即投入到緊張的防務(wù)籌備中，嘔心瀝血、夜以繼日地工作，為保衛(wèi)臺(tái)灣海防做出了重要貢獻(xiàn)。
他深知安平是臺(tái)南的門戶，而臺(tái)南又是臺(tái)灣的首府，地理位置十分重要。于是，他以“守土人人有責(zé)”為口號(hào)，號(hào)召當(dāng)?shù)氐氖棵裢膮f(xié)力保衛(wèi)海防。同時(shí)，他下令兵勇恪守軍紀(jì)，不得損害百姓利益。在他的帶領(lǐng)下，臺(tái)灣的海防得到了極大的加強(qiáng)。鄒經(jīng)還新建了十余艘高大的戰(zhàn)船，鑄造了刀劍，制造了彈藥，為抵御海盜的進(jìn)攻做好了充分的準(zhǔn)備。
嘉慶時(shí)期繪制的《靖海全圖》（部分）（圖片來自網(wǎng)絡(luò)）
在臺(tái)海洋面上，海盜蔡牽如日中天。安南國(guó)內(nèi)易主后，越南夷盜式微，被蔡牽乘機(jī)兼并，得到了大量的夷船和夷炮，實(shí)力倍增。水澳幫、鳳尾幫、朱濆等海盜團(tuán)伙見狀，紛紛投靠蔡牽，一時(shí)間，海盜勢(shì)力如狼似虎，占據(jù)了沿海島嶼作為基地，對(duì)過往的商船進(jìn)行瘋狂的劫掠，整個(gè)海峽都籠罩在了一片黑色恐怖的氛圍之中。
此時(shí)的海盜頭目蔡牽、朱濆軍事實(shí)力極強(qiáng)，擁有大型戰(zhàn)船。他們親自率領(lǐng)百余艘戰(zhàn)船，氣勢(shì)洶洶地竄入臺(tái)灣海域，企圖搶米劫貨。面對(duì)海盜的囂張氣焰，鄒經(jīng)不敢懈怠，身先士卒，率領(lǐng)軍民浴血奮戰(zhàn)，最終重創(chuàng)海盜，保護(hù)了臺(tái)灣人民的生命財(cái)產(chǎn)安全。
然而，就在鄒經(jīng)為臺(tái)灣的安定付出巨大努力的時(shí)候，他的知己兼上級(jí)、福建水師提督李南馨溘然長(zhǎng)逝，讓他悲痛萬分。閩浙總督玉德薦顏鳴漢接任，嘉慶皇帝卻任命李長(zhǎng)庚為福建水師提督，這次任命紛爭(zhēng)，使得總督和提督之間的關(guān)系緊張。玉德在海戰(zhàn)中常瞎指揮貽誤戰(zhàn)事，雙督相互扯皮，李長(zhǎng)庚最終以回避原籍為由調(diào)任浙江水師提督。更讓鄒經(jīng)痛心的是，玉德收受匪首蔡牽的巨額賄賂，導(dǎo)致被水師圍困的匪船逃脫，這一事件引起了朝野的震怒。面對(duì)這樣的局面，鄒經(jīng)悲憤交加，于嘉慶九年（1804年）四月初六猝死于臺(tái)灣安平營(yíng)署，享年63歲。
